Les érymides sont des crustacés décapodes marins ayant une morphologie comparable à celle des homards actuels. Ils sont regroupés au sein d’une unique famille, les Erymidae Van Straelen, 1925, caractérisée par la présence d’une plaque intercalaire dorsale. Ces crustacés sont présents dès la fin du Permien. Ils se sont diversifiés et répandus dans le monde entier au Jurassique et ont perduré jusqu’au Paléocène. Ils sont particulièrement abondants au Jurassique, fossilisés dans des dépôts issus d’environnements variés : de faible profondeur – comme les calcaires lithographiques de Solnhofen (Allemagne) –, très profonds – comme La Voulte (France) –, ou encore dans différents milieux de plate-forme – comme le Terrain à Chailles (France). Depuis les premières descriptions d’érymides, au début du XIXe siècle, de nombreux auteurs se sont attachés à décrire de nouvelles formes et à tenter d’élucider les affinités phylogénétiques de ces crustacés éteints. Ces nombreux travaux ont abouti à l’installation et à la propagation de confusions rendant douteuse la systématique des érymides tant au niveau des genres que des espèces. Ces problèmes taxinomiques particulièrement marqués chez les érymides — on parle d’ailleurs de « problème érymidien » — sont accompagnés d’un débat sur leur classification au sein des Pleocyemata. Jusqu’au début du XXIe siècle, la majorité des auteurs les classaient dans l’infraordre des Astacidea mais de récentes analyses phylogénétiques suggèrent l’intégration des érymides au sein des Glypheidea. Une autre étude a même abouti à la remise en cause du statut éteint des érymides. En effet, Schram & Dixon (2004) ont observé la plaque intercalaire sur l’actuel Enoplometopus A. Milne Edwards, 1862. Leur analyse a ensuite conduit au regroupement de cette forme actuelle avec les érymides au sein d’un même clade nommé Erymida. Les objectifs de cette thèse sont donc de remédier aux problèmes taxinomiques des érymides, d’élucider leurs affinités phylogénétiques et d’apporter des éléments permettant de mieux comprendre leur mode de vie et leur succès évolutif. Pour ce faire, une révision systématique aussi exhaustive que possible, appuyée sur l’étude de plus d’un millier de spécimens, a été réalisée. Elle a permis d’homogénéiser la description des 6 genres et des 75 espèces reconnues et d’identifier les caractères nécessaires à l’étude phylogénétique. L’arbre obtenu montre clairement que les érymides constituent un groupe particulier d’Astacidea auquel Enoplometopus n’appartient pas. De plus, la topologie de l’arbre de strict consensus soutient une refondation complète de la systématique du groupe. D’une unique famille, les érymides se retrouvent désormais répartis dans deux familles, distinguées par la présence/absence de la zone post-orbitaire : les Enoploclytidae n. fam. et les Erymidae. Cette dernière est d’ailleurs elle-même divisée en sous-familles, Eryminae Van Straelen, 1925 et Tethysastacinae n. s.–fam., en raison de l’architecture très simple des sillons de la carapace de Tethysastacus Devillez et al., 2016 comparée à celle des autres genres. Cette étude a aussi été l’occasion de formuler des hypothèses paléobiogéographiques qui demeurent, hélas, en grande partie spéculatives et incomplètes du fait des importantes discontinuités géographiques et stratigraphiques du registre fossile. Les observations de stades larvaires, des yeux, de la morphologie des pinces, de pores cuticulaires et de la variabilité intraspécifique chez certains spécimens ont également permis, en s’appuyant sur les formes actuelles, d’émettre des hypothèses sur le mode de vie de ces crustacés disparus. Enfin, la grande tolérance environnementale déduite des différentes formations géologiques ayant livré des érymides fossiles est probablement une des clés de leur succès au Mésozoïque et soulève la question des raisons de leur extinction.

Le gisement du Jbel Tselfat correspond à un ensemble d’affleurements ponctuels localisés au nord du Maroc, à proximité de la ville de Meknès. Les niveaux fossilifères sont formés de schistes bitumineux datés du Crétacé supérieur et inclus dans une nappe de charriage. Malgré la préservation limitée des fossiles, le site présente l’une des faunes d’actinoptérygiens les plus diversifiées de son époque, avec 21 taxons représentés par près de 400 spécimens. Deux missions, en 2008 et 2009, ont permis de collecter des échantillons de roche et une centaine de spécimens fossiles nouveaux, incluant quelques plantes et une ammonite. Une révision taxonomique a porté sur 12 taxons d’actinoptérygiens, permettant de rediscuter leur position phylogénétique. L’inclusion du genre Paravinciguerria au sein des Stomiatiformes, auparavant débattue, est confirmée. Clupavus maroccanus est perçu comme un Otophysi basal et présente une modification des vertèbres antérieures qui pourrait s’apparenter à un appareil de Weber. Les genres Idrissia et Kermichthys, rares dans le gisement, n’ont pu être rattachés à aucun grand clade de téléostéens ; le genre Protostomias est considéré comme un eutéléostéen incertae sedis. Une analyse phylogénétique incluant ces cinq taxons et divers clades de téléostéens actuels a été menée mais les résultats ne sont pas significatifs. Les positions ne sont soutenues que par un petit nombre de caractères homoplastiques ou par des caractères correspondant à des données manquantes dans le codage, optimisées lors de l’analyse. La révision de l’espèce Elopopsis microdon et du genre Tingitanichthys confirme leur place au sein des Pachyrhizodontoidei. L’aspidorhynchiforme présent sur le site s’apparente à Belonostomus crassirostris mais une description plus complète de l’holotype (originaire des niveaux cénomaniens de Pietraroia, en Italie) est nécessaire pour confirmer cette détermination. Les spécimens auparavant attribués à “Diplomystus” brevissimus sont considérés comme des Armigatus sp. Enfin, les positions de l’élopiforme Davichthys lacostei, de l’aulopiforme Ichthyotringa africana et du tselfatiiforme Tselfatia formosa ne sont pas modifiées par rapport aux travaux précédents. L’analyse pétrographique et géochimique des échantillons rocheux collectés a permis de reconstituer le milieu de dépôt comme un environnement marin calme et profond. L’origine de ces schistes est attribuée à l’Oceanic Anoxic Event 2, un épisode de dépôt massif de sédiments riches en matière organique, à la limite Cénomanien-Turonien. En l’absence de microfossiles clairement identifiés, cet âge est testé et confirmé par une approche comparative fondée sur le partage d’espèces d’actinoptérygiens avec un échantillonnage de sites datés du Cénomanien et du Turonien.

Les Cetiosauridae et plus généralement les sauropodes du Jurassique moyen demeurent l’un des groupes les plus énigmatiques de ces dinosaures herbivores. La révision des sauropodes du Jurassique moyen (Bothriospondylus madagascariensis et Lapparentosaurus madagascariensis de Madagascar, ?Cetiosaurus mogrebiensis du Maroc, Chebsaurus algeriensis d’Algérie et un nouveau spécimen du Calvados, France) constitue une source considérable d’informations pour mieux comprendre l'anatomie et l'évolution des sauropodes de cette époque. Les analyses phylogénétiques suggèrent que les Cetiosauridae sont paraphylétiques et associés à une importante multifurcation. Cette irrésolution s’expliquerait par de nombreuses données manquantes mais aussi par l’incongruence des caractères qui concerne ces sauropodes. Cette incongruence pourrait être le résultat d’une radiation évolutive qui aurait suivie l’extinction due à la crise du Pliensbachien-Toarcien et/ou qui serait le reflet du démantèlement de la Pangée.

Le Cainotherium, artiodactyle endémique de l'Europe occidentale, est fréquemment trouvé dans les gisements de l'Oligocène supérieur (MP28) au Miocène moyen (MN6). Ses restes, souvent peu abondants, rendent alors la détermination difficile, car les nombreuses espèces décrites sont très mal caractérisées. L'étude morphométrique dentaire de populations abondantes récemment récoltées a permis de cerner le polymorphisme intraspécifique et d'aborder la définition des espèces. La grande monotonie des caractères dentaires de celles-ci au cours du temps est confirmée : la distinction des espèces se fait principalement sur des critères de taille et de rapports inter-dentaires. Un schéma phylogénétique, utilisant la distribution géographique et temporelle, est proposé ; il met en évidence une relation entre spéciation et crise. Des renseignements sur les traits de vie de Cainotherium sont fournis par le matériel post-crânien et les causes possibles de leur extinction sont passées en revue.

Au Miocène (-25 à -5 Ma) en Europe des changements climatiques entraînent des bouleversements dans les communautés de rongeurs (Mammalia), en particulier les Cricetinae. Une révision systématique des Democricetodon, utilisant une population actuelle d'Oryzomys comme modèle de variabilité morphologique, permet de proposer une phylogénie. L'étude du contour, en analyse de Fourrier, des molaires de trois lignées du genre Megacricetodon dans trois régions d'Europe montre des accélérations évolutives qui ne sont pas synchrones. L'étude de ces deux genres met en évidence l'importance des contextes géographique et climatique sur la dynamique des faunes de rongeurs. La distribution des espèces de rongeurs montre une différenciation biogéographique selon un gradient environnemental nord-sud succédant à un gradient géographique est-ouest. Cette étude démontre également que les changements intervenant à l'échelle des régions régulent la diversité à l'échelle du continental européen

Les Megalosauridae (Dinosauria, Theropoda) sont l'un des groupes les plus énigmatiques de dinosaures carnivores, n'étant connu[e]s que par un matériel relativement fragmentaire en comparaison avec celui des autres dinosaures carnivores. Le découverte de Poekilopleuron ? valesdunensis nov. Sp. Dans le Jurassique moyen de Normandie nous apporte de nombreuses informations sur l'anatomie de ces théropodes et sert de base à une révision détaillée des autres genres de théropodes européens, couramment rattachés aux Megalosauridae. Megalosaurus bucklandii, premier théropode non-avien jamais décrit, est considéré comme un nomen dubium. Deux analyses de parcimonie basée sur une matrice de données comportant 107 caractères ostéologiques contrôlés d'abord chez 18 taxons, et ensuite chez 24 taxons ont été réalisées. L'arbre de consensus strict de l'analyse à 24 taxons (234 pas ; CI=0,61 ; RI=0,75) est de la forme (Tetanurae (Spinosauridae (Spinosauridae + Megalosauridae) + Neotetanurae (Allosauroidae + Coelurosauria))). Les Megalosauridae apparaissent monophylétiques et incluent les genres Poekilopleuron, Eustreptospondylus, Streptospondylus, Lourinhanosaurus et Afrovenator. Metriacanthosaurus et Erectopus, longtemps considérés comme proches des Megalosauridae, sont rattachés aux Allosauroidae. Une nouvelle classification des théropodes est proposée. L'arbre phylogénétique tiré des analyses de parcimonie indique que les lignées menant aux Ceratosauria, aux Spinosauroidea, aux Allosauroidae et aux Coelurosauria étaient déjà individualisées au Jurassique inférieur ? L'inclination de l'ensemble des Spinosauroidea à un régime alimentaire piscivore est suggérée.